Pierwszą żoną Apoloniusza Tajnera była Aleksandra, która wyszła za niego za mąż w 1974 roku. Pozostawali małżeństwem przez czterdzieści lat. Razem mieli syna Tomisława, który był reprezentantem Polski w skokach narciarskich, a także córki Dominiki. W 2014 roku Apoloniusz i Aleksandra wzięli rozwód! Od 2011 pozostaje w związku z Izabelą Podolec!
W maju 2019 roku, para wzięła ślub w Warszawie! Izabela jest z wykształcenia aktorką, Apoloniusz cały czas pozostaje prezesem Polskiego Związku Narciarskiego. Apoloniusz i młodsza od niego o 36 lat Izabela poznali się przypadkowo kilka lat temu podczas podróży pociągiem z Krakowa do Warszawy.
Półtora miesiąca temu urodził im się pierwszy potomek, syn Leopold Apoloniusz Tajner. Imiona nie są nadane przypadkowo! Pochodzą one od dziadka i ojca. - Czuję, jakby przyłączono mi bateryjke do ciała - wyjawił w rozmowie z "Super Expressem" szczęśliwy Apoloniusz Tajner.
Wszystkie dzieci Apoloniusza Tajnera:
Dominika Tajner (40 l.)
Tomisław Tajner (36 l.)
Leopold Tajner (1,5 mies.)
