Swoją seniorską karierę rozpoczynał w Legii Warszawa, z której wypłynął na szerokie wody. W swojej przygodzie z piłką występował w lidze hiszpańskiej i cypryjskiej. Na swoim koncie ma również 39 meczów w reprezentacji Polski, w której zdobył 11 bramek, a na igrzyskach olimpijskich w 1992 roku zdobył srebrny medal z biało-czerwoną kadrą.
Ostatnie swoje lata związał z mediami. Dla telewizji odkryła go stacja Polsat Sport, gdzie przez wiele lat występował w programie Cafe Futbol. Jego współpraca z tą telewizją zakończyła się w 2017 roku. Obecnie swoją wiedzą dzieli się w radiu Weszło.fm. Niedawno Krzysztof Stanowski poinformował, że Kowalczyka nie usłyszymy przez pewien czas na antenie.
Powodem okazał się rodzinny dramat. Wojciech Kowalczyk opublikował we wtorek wpis na Twitterze. Poinformował w nim, że zmarła jego siostra. Całej rodzinie składamy najszczersze kondolencje.