Argentyńczyk doznał kontuzji 14 marca w meczu z Nashville i od tego momentu miał sporo problemów mięśniowych. One sprawiły, że wypadł z gry na ponad trzy tygodnie. Najlepszy piłkarz świata wrócił do gry już w ostatnim meczu MLS. Pojawił się na boisku w drugiej połowie i strzelił gola w zremisowanym 2:2 meczu z Colorado Rapids.
Od pierwszej minuty znalazł się w składzie na pucharowy mecz z Monterrey znalazł się jednak wraz z innymi w podstawowej jedenastce. W drużynie Davida Beckhama (który jest u sterów właścicielskich, szkoleniowcem jest Gerardo Martino) nie zabrakło w składzie innych gwiazd: Luisa Suareza, Sergio Busquetsa i Jordiego Alby. Piłkarze Interu Miami przegrali u siebie 1:2 w pierwszym meczu, a w drugim nie odrobili strat. Ponieśli zaś kolejną porażke. W pewnym momencie Meksykanie prowadziło już 3:0, rozmiary porażki zmniejszył Diego Gomez, któremu przy trafieniu asystował Messi.
Inter Miami odpadł więc w ćwierćfinale Pucharu Mistrzów CONCACAF, a pogromcy ekipy Martino zmierzą się w półfinale z inną drużyną MLS Columbus Crew. W tych rozgrywkach Messi zdążył strzelił sześć goli, dokładając do nich trzy asyst (w siedmiu meczach). Ekipa Interu nie wygrała już pięciu spotkań z rzędu...