W piłkę grał krótko i bez sukcesów, kończąc karierę w wieku 21 lat. Wówczas studiował już w Instytucie Inżynierii w Lizbonie i ukończył go w 1977 roku ,uzyskując dyplom inżyniera-elektronika. W wyuczonym zawodzie pracował nawet wtedy, gdy był trenerem Estoril-Praia a później Estreli Amadora. Przez pewien czas pełnił funkcję dyrektora ds. technicznych i konserwacji w hotelu Palacio, w Estoril.
Po zajęciu z Estrelą wysokiego 7 miejsca w lidze portugalskiej, po zdolnego trenera sięgnęło FC Porto, z którego odchodził słynny Anglik Bobby Robson. Dopiero wówczas Santos całkowicie zrezygnował z pracy inżyniera, poświęcając się futbolowi.
- Jedna praca uzupełniała się i łączyła z drugą, bo obie wymagały bardzo dobrej organizacji – powiedział wówczas w jednym z wywiadów Santos.
Już w pierwszym sezonie pracy w FC Porto (z Grzegorzem Mielcarskim w składzie) zdobył mistrzostwo Portugalii. W następnym zdobył puchar Portugalii i doszedł do ćwierćfinału LM. Później pracował w klubach greckich i portugalskich, ale bez spektakularnych sukcesów. Większe odniósł jako selekcjoner reprezentacji. Przed 4 laty podczas Euro w Polsce prowadził Grecję, która zremisowała z Polską 1:1, ale w przeciwieństwie do drużyny Smudy wyszła z grupy. Również za sukces można uznać wynik jaki osiągnęła Grecja podczas ostatniego mundialu, gdy awansowała do 1/8 finału. Od 2014 roku Fernando Santos jest trenerem Portugalii.