Po raz pierwszy Lewandowski zagrał przeciwko Borussii tuż po transferze, latem 2014 roku. Wówczas to w Superpucharze Niemiec Polak grał przez 90 minut, ale nie strzelił żadnego gola, a jego nowy zespół przegrał 0:2 i trofeum zostało w Dortmundzie.
Pierwszego gola w starciach z Borussią strzelił niedługo później. 1 listopada 2014 roku na Allianz Arenie w meczu Bundesligi Bayern wygrał 2:1, a jedną z bramek strzelił Lewandowski. Potem był skuteczny w trzech kolejnych spotkaniach (gol, gol, 2 gole). Następnie pojawił się przestój, czyli cztery gole bez strzelonej bramki (od 5 marca 2016 roku do 19 listopada 2016 roku). Przełamał się 8 kwietnia 2017 roku, strzelając dortmundczykom dwa gole w meczu ligowym. Niestety, w tym samym spotkaniu doznał kontuzji, której skutki odczuwa do dziś. Jak poinformował „Sport Bild”, Lewandowski w meczu z Realem Madryt w półfinale Ligi Mistrzów zagrał z naderwanym ścięgnem w barku. Dziś ma jednak zaliczyć 11 mecz przeciwko Borussii w karierze, czy strzeli kolejnego gola?
Lewandowski kontra Borussia:
13.08.2014. Superpuchar. BVB – Bayern 2:0.
1.11.2014. Bundesliga. Bayern – BVB 2:1 (1 bramka)
4.04.2015. Bundesliga. BVB – Bayern 0:1 (1 bramka)
28.04.2015. Puchar Niemiec. Bayern – BVB 1:1, 1:3 po karnych (1 bramka)
4.10.2015. Bundesliga. Bayern – BVB 5:1. (2 bramki)
5.03.2016. Bundesliga. BVB – Bayern 0:0
21.05.2016. Puchar Niemiec. Bayern – BVB 0:0, 4:3 po karnych
14.08.2016. Superpuchar. BVB – Bayern 0:2.
19.11.2016. Bundesliga. BVB – Bayern 1:0.
8.04.2017. Bundesliga. Bayern - BVB 4:1 (2 bramki)
Suma: 10 meczów/7 bramek