Juan Carlos Garcia rozpoczynał karierę w honduraskim C. D. Marathon. Następnie przeniósł się do innego zespołu rodzimych rozgrywek C. D. Olimpia. W jego barwach zanotował 80 występów. W 2013 roku wyjechał do Wielkiej Brytanii, gdzie zatrudnił go klub Wigan Athletic. Nie mógł jednak odnaleźć się na wyspach. Zanotowano jedynie jeden oficjalny mecz Garcii w drużynie Wigan. Drugą połowę roku 2014 spędził na wypożyczeniu do hiszpańskiego CD Tenerife. W styczniu 2015 wrócił do Anglii. Jego kontrakt wygasł rok później w lipcu i od tamtej chwili pozostawał bez klubu.
W 2009 roku lewy obrońca rozpoczął karierę reprezentacyjną. Zagrał w 39 spotkaniach drużyny narodowej Hondurasu. Strzelił nawet jednego gola. Wraz z kadrą pojechał do Brazylii na mistrzostwa świata. Zagrał w dwóch spotkaniach: z Ekwadorem i Szwajcarią. Mecz z Helwetami był jego ostatnim meczem w barwach narodowych.
Piłkarz chorował na białaczkę. To właśnie nowotwór był przyczyną jego wczesnej śmierci.
Really sad news for us all today. We learned of the passing of our former player Juan Carlos Garcia overnight.
— Wigan Athletic (@LaticsOfficial) January 9, 2018
Our thoughts are with his family and friends at this tragic time.https://t.co/1Dmuq4BKTC#wafc pic.twitter.com/dZZVplgm3N