Joe Kinnear rozpoczął profesjonalną karierę piłkarską w drużynie młodzieżowej Tottenhamu, w pierwszej drużynie spędził 10 lat, grając w 258 meczach. Ostatni rok piłkarskiej kariery spędził w Brighton. Przygodę z trenerką rozpoczął od Sharjah FC, a w 1983 roku został mianowany menedżerem reprezentacji Indii. Hindusów prowadził trzy lata, ale następny kierunek był równie egzotyczny. Kinnear został selekcjonerem Nepalu, a w Anglii zaczął od czwartej ligi angielskiej (Doncaster). Trenerską sławę przyniosła mu przygoda w Wimbledonie. Ekipa spod Londynu była znana z niezwykle agresywnej gry, zespół Wimbleodnu był nazywany "Szalonym gangiem", którego jednym z przewodników był Vinnie Jones (znany później fanom srebrnego ekranu). Ekipę Wimbledonu doprowadził nawet do 6. miejsca. W marcu 1999 r. Kinnear zrezygnował z pracy ze względu na kłopoty z sercem. Po powrocie do formy - w 2001 roku - objął Luton Town. Z ekipą The Hatters pracował dwa lata.
Do Newcastle United wrócił po długiej przerwie, w sezonie 2008/2009. Nie pomógł jednak Srokom w utrzymaniu, które prowadził wtedy przez 18 spotkań.
W 2015 roku u Joe Kinneara rozpoczął się problem z demencją. Wtedy odsunął się od piłki. "Z przykrością ogłaszamy, że Joe zmarł spokojnie dziś po południu w otoczeniu rodziny" - przekazali bliscy Kinneara w mediach społecznościowych.