W tej fazie zobaczymy kilka dobrze znanych drużyn, takich jak AS Roma (z Nicola Zalewskim), Ajax Amsterdam (z Janem Faberskim), FC Porto, Real Sociedad, a także zespoły z polskimi zawodnikami w składzie: Midtjylland (Adam Buksa), PAOK Saloniki (Tomasz Kędziora, Mateusz Wieteska), Twente (Przemysław Tytoń) oraz Fenerbahce (Sebastian Szymański).
Drużyny zostały rozlosowane według specjalnego klucza, w którym wyżej sklasyfikowane zespoły z fazy grupowej miały przyznany atut rewanżu na własnym stadionie. Zespoły z miejsc 9-10 rywalizują z drużynami z miejsc 23-24, te z miejsc 11-12 z drużynami z miejsc 21-22 i tak dalej.
Pierwsze mecze 1/16 finału odbędą się 13 lutego, a rewanże zaplanowano na 20 lutego. Losowanie par 1/8 finału odbędzie się dzień później, 21 lutego.
Pary 1/16 finału Ligi Europy UEFA:
- Fenerbahce (24. miejsce po fazie ligowej, ostatnie dające awans do fazy pucharowej) - Anderlecht (10.)
- Twente (23.) - Bodo/Glimt (9.)
- PAOK Saloniki (22.) - FCSB (11.)
- Royale Union Saint-Gilloise (21.) - Ajax Amsterdam (12.)
- Midtjylland (20.) - Real Sociedad (13.)
- AZ Alkmaar (19.) - Galatasaray (14.)
- FC Porto (18.) - AS Roma (15.)
- Ferencvaros (17.) - Viktoria Pilzno (16.)