Reprezentant Polski przeszedł do Southampton przed sezonem 2017/18 (za 6 milionów euro z Lecha Poznań). Pierwszy rok rozgrywek może spisać na straty – zagrał w zaledwie 5 meczach. Sezon 2018/19 zaczął podobnie, czyli na ławce rezerwowych (więcej szans dostawał w drużynie U-23 - 6 występów). Trener Mark Hughes zupełnie w niego nie wierzył, w tym sezonie pozwolił mu zagrać w zaledwie dwóch meczach ligowych (z szesnastu możliwych), Janek spędził w sumie 80 minut na murawie. Na początku grudnia Hughesa jednak zwolniono, a jego miejsce zajął Ralf Hasenhüttl (52 l.). Austriak od razu odważnie postawił na Bednarka i się nie zawiódł.
Odkąd Hasenhüttl został trenerem Southampton, Bednarek wystąpił w 10 meczach od pierwszej minuty. Przez ten okres znacząco spadł wskaźnik traconych przez „Świętych” goli – z 1,86 do 1,45 na mecz. Mało tego (znów licząc okres od przyjścia Hasenhüttla) Bednarek jest drugi w całej Premier League pod względem przechwytów (25, tuż za Solem Bambą z Cardiff - 32) i skutecznych wybić piłki (71, tuż za kolegą z drużyny Jannikiem Vestergaardem - 72), a najlepszy pod względem zablokowanych strzałów (14)!
- Od mojego pierwszego meczu Jan pokazuje wielkie umiejętności – zachwyca się trener Hasenhüttl. - Jest bardzo agresywny, z piłką przy nodze zachowuje spokój, dużo widzi. Na boisku głośny, często daje rady partnerom. Ma wszystko, co powinien mieć stoper. Wykonał ogromny krok do przodu, rozwinął się – dodaje Austriak, który wciąż nie może świętować utrzymania w Premier League. Southampton zajmuje 16. miejsce w tabeli, tylko dwie pozycje ponad strefą spadkową. Bednarek w świetnej formie jest mu więc bardzo potrzebny. W sobotę Southampton gra z Cardiff City.